便携式蓝绿藻分析仪由便携式主机以及蓝绿藻传感器组成。是利用蓝藻在光谱中有吸收峰和发射峰这一特性，发射特定波长的单色光照射到水中，水中的蓝藻吸收该单色光的能量，释放出另外一种波长的单色光，蓝绿藻发射的光强与水中蓝藻的含量成正比。